La filtration mécanique consiste à retenir les particules de saleté dans l'eau, un peu comme dans un tamis. Les grosses particules de saleté sont retenues par le maillage du filtre, tandis que les plus petites particules passent avec l'eau dans les ouvertures. En s'accumulant dans le tamis, les particules de saleté finissent toutefois par obstruer et même bloquer le passage de l'eau. Le filtre à tamis doit donc être régulièrement nettoyé. Une succession de tamis de plus en plus fins s'avère souvent très efficace.

La décantation est également une forme de filtration mécanique, mais un peu plus évoluée. Les particules les plus lourdes se déposent au centre d’une chambre vortex conique. Dans le vortex (aussi appelé cyclone), l’eau chargée en particules de saleté tourbillonne. La vitesse de l'eau est plus élevée à l'extérieur qu'au centre. Les particules lourdes se déposent au centre dans une zone en forme d'entonnoir. Dans les filtres bien conçus, comme les filtres multi-chambres de Messner, cet entonnoir est muni d'une vanne d’évacuation pour éliminer les saletés.

Les plus petites particules de saleté passent évidemment à travers les ouvertures plus fines du tamis. La filtration mécanique à elle seule ne suffit pas à débarrasser l'eau de toutes les impuretés : elle n'élimine pas les colorants, l'urine des poissons ni certaines substances chimiques indésirables. La filtration biologique consiste à nettoyer l'eau à l'aide de bactéries. Des bactéries vivantes - présentes par exemple sur les tapis filtrants Matala et le minéral filtrant ClinoptiPlus® - poursuivent la purification de l'eau. Les bactéries transforment les déchets en molécules assimilables par les plantes.

Les saletés qui proviennent des excréments de poissons, des restes de nourriture, des organismes morts, etc. contiennent notamment des liaisons de phosphate et de l’ammonium. L’ammonium, très toxique, est transformé par les bactéries en nitrites, moins toxiques, convertis à leur tour en nitrates, non toxiques pour les poissons. Le nitrate, produit final de la transformation des matières organiques, constitue, avec le phosphate, une molécule essentielle à la croissance des plantes.  Il s’agit ici surtout de réactions chimiques aérobies, qui nécessitent beaucoup d’oxygène. Les filtres qui ajoutent de l’oxygène à l’eau sont donc toujours plus efficaces que les autres. Cet apport d'oxygène peut être assuré par le mouvement de l'eau à travers le filtre (par ex. un tamis courbé) ou des diffuseurs d'air placés dans les chambres du filtre et reliés à une bonne pompe à air.

Le filtre à pression constitue une forme plus élaborée du filtre tonneau. Il offre une meilleure étanchéité et supporte une pression plus élevée. L'eau sous pression traverse les masses filtrantes (principalement des mousses). Depuis quelques années, ce type de filtre a considérablement évolué. Sur les anciens modèles, des poignées de nettoyage permettaient de comprimer les mousses filtrantes sans devoir ouvrir le filtre. Mais dans la pratique, ce n'était pas toujours évident. Les nouveaux filtres à pression sont équipés d'une manivelle, très facile à manipuler. La plupart de ces filtres à pression peuvent être enterrés partiellement dans le sol à côté du bassin.

Le grand avantage de ces filtres est qu'il reste suffisamment de pression côté sortie pour diriger l'eau filtrée vers une cascade située plus haut.

Un solide filtre monochambre convient parfaitement aux étangs de jardin de petite taille avec une population de poissons réduite. Soyez attentif à la solidité de sa construction, à la masse filtrante et à la facilité d'utilisation. La présence d'une vanne pour l'évacuation des dépôts constitue un atout intéressant.

Ces filtres sont peu encombrants et peuvent être enterrés partiellement dans le sol. Ils sont donc faciles à dissimuler.

Les meilleurs filtres multi-chambres fonctionnent selon le principe de l'upflow (l'eau traverse les masses filtrantes de bas en haut), ont plusieurs vannes d'évacuation pour éliminer les dépôts et sont particulièrement faciles à entretenir. Les modèles les plus performants sont équipés de canaux pour améliorer l'oxygénation de l'eau (lame d'eau, diffuseurs d'air), ce qui augmente encore leur efficacité.
Soyez attentif à la solidité de leur construction (notamment à l'épaisseur des parois). Les meilleurs filtres sont autoportants, ce qui est fortement conseillé compte tenu de leur poids lorsqu'ils sont remplis de substrats et d'eau. Veillez à les positionner horizontalement (par exemple sur une dalle en béton). Les filtres multi-chambres ne sont pas vraiment esthétiques. Il est conseillé de les dissimuler, par exemple derrière une haie de buis ou d'ifs, des gabions ou un abri de jardin.
Le volume et le type de masses filtrantes sont très importants et déterminent en grande partie l’efficacité et la facilité d’entretien du filtre.